Kết thúc cuộc viếng thăm đại học Sophia, Đức Thánh Cha đi xe hơi ra phi trường Tokyo-Haneda cách đó 20 km. Tại phi trường đã diễn ra nghi thức từ giã Đức Thánh Cha. Đức Thánh Cha chào từ giã các giám mục Nhật và các phái đoàn. Hai thiếu nữ trong y phục kimono truyền thống của Nhật đã tặng hoa cho Đức Thánh Cha. Đức Thánh Cha là người cuối cùng bước lên máy bay.
Lúc 11:43, chiếc máy bay của hãng All Nippon Airways chở Đức Thánh Cha trực chỉ phi trường Fiumicino của Roma cách Tokyo 10.516 km, với 13 giờ 30 phút bay. Trên máy bay, Đức Thánh Cha đã chụp hình với phi hành đoàn và có cuộc họp báo với các ký giả đi cùng.
Điện thư gửi Nhật hoàng Naruhito
Ngay khi máy bay cất cánh, Đức Thánh Cha đã gửi điện thư cho Nhật hoàng Naruhito với nội dung như sau:
Từ giã nước Nhật, một lần nữa tôi xin gửi lời cảm ơn sâu sắc đến Hoàng thượng, với các thành viên của gia đình hoàng gia và tất cả người dân Nhật Bản, vì sự chào đón nồng nhiệt và lòng hiếu khách nồng hậu. Tôi cầu nguyện cho quý vị và cầu xin phước lành của Chúa trên tất cả quý vị.
Lòng biết ơn đối với Đức Thánh Cha
Đức Thánh Cha đến đất nước “mặt trời mọc” với nụ cười tươi dù trời tối, mưa to, gió lớn. Ngài rất vui khi gặp những người thuộc mọi cảnh đời của xã hội Nhật Bản. Và người dân Nhật có thể cảm thấy sự nhiệt thành của ngài và họ cũng tỏ lòng nhiệt tình quý mến của họ. Từ Nhật hoàng Naruhito, đích thân tiễn Đức Thánh Cha ra xe, đến vị linh mục truyền giáo lớn tuổi, mắt ngấn lệ khi từ giã ngài tại đại học Sophia, từ những đôi mắt thoáng buồn của các tín hữu nhìn theo những bước chân rời đi của vị cha chung, nhưng lòng biết ơn tràn đầy trên khuôn mặt của tất cả. Cám ơn Đức Thánh Cha đã mang đến sứ điệp hòa bình cho đất nước đã từng mang thương tích nặng nề của chiến tranh. Cám ơn Đức Thánh Cha đã mang niềm an ủi đến cho các nạn nhân của các thảm kịch và kêu gọi tình liên đới với nhau. Cám ơn Đức Thánh Cha đã đến củng cố đức tin của đoàn chiên, dù nhỏ bé, nhưng vẫn tỏ rõ căn tính Kitô hữu của mình: bảo vệ sự sống, giúp đỡ những người nghèo khổ yếu thế và đối thoại chung sống hòa bình với mọi người.
